Dans le cadre de l'aménagement de la Route Nationale 2, des mesures compensatoires ont été engagées par l'Etat afin d'essayer de préserver les chauves-souris car des travaux allaient impacter des milieux de vie de ces espèces. De part sa situation au sein de la vallée de l'Automne, l'église est apparue comme un site potentiel de mise-bas pour des chauves-souris.

Il a alors été convenu entre l'Etat, la commune et le Conservatoire de travailler ensemble pour favoriser les chauves-souris au sein des combles de l'église et de la Chapelle de Chavres.

Les aménagements sur l'église ont été réalisés par l'équipe technique du Conservatoire au début de l'année 2014 avec l'aide de bénévoles. Conçus pour s'intégrer de manière harmonieuse à l'église tout en respectant l'environnement historique du lieu, leur but premier est de favoriser l'installation d'une colonie tout en empêchant les pigeons d'accéder aux combles. En effet, ces derniers ne font pas bon ménage avec les chauves-souris et leurs fientes ont tendance à attaquer notamment les éléments en bois. Les aménagements ont, principalement, consisté à poser des abat-sons en chêne avec un passage adapté uniquement aux chauves-souris ainsi que des gîtes complémentaires dans le comble pour diversifier les conditions thermiques au sein de ce dernier. De plus, un nichoir à Chouette effraie a aussi été installé.