La population des chiroptères est menacée par la destruction de leurs gîtes de reproduction et d’hibernation et de leurs milieux de chasse. Les milieux souterrains comme les carrières sont un habitat privilégié, raison pour laquelle le Conservatoire s’est engagé à les préserver. A Beauval, les carrières du Bois de Milly-Fief abritent une importante colonie d’hibernation de chauves-souris avec la présence de 5 espèces : le Vespertilion à oreilles échancrées, Vespertilion de Bechstein, le Vespertilion de Daubenton, le Vespertilion de Natterer et le Vespertilion à moustaches.