Dans le cadre de l'aménagement de la Route Nationale 2, des mesures compensatoires ont été engagées par l'Etat afin d'essayer de préserver les chauves-souris car des travaux allaient impacter des milieux de vie de ces espèces. Il a alors été convenu entre l'Etat, la commune de Vauciennes et le Conservatoire, de travailler ensemble pour favoriser les chauves-souris au sein de ce bâtiment religieux. Des aménagements ont été ainsi réalisés pour permettre aux chauves-souris de fréquenter les combles, tout en empêchant les pigeons domestiques (anciens locataires) d'y trouver refuge.